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种子加工的工序虽然有很多，但是目前我国使用的主要加工工序有以下几种。
1. 预清选（初清） 预清选主要是在脱粒后的种子中去掉杂质，并将不合乎要求的籽粒清除，预清选只是为进一步清选加工种子打下一个基础，因此对经过预清选后的种子质量要求不高。
2. 干燥 目的是把种子含水量降至安全储藏所需要的水分以下以便保管。干燥的方法可以有很多种，采用人工自然晾晒降水是简单的办法，还可以采用通自然风或加热的空气强制干燥的方法，使用加热空气干燥的方法叫烘干。
3. 脱粒 是玉米种子加工必不可少的加工工序，脱粒时如果不注意。可使种子受到严重损伤。
4. 基本清选 基本清选是种子加工中必不可少的工序，基本清选的目的是从种子中提出比合乎要求作物种子的宽度或厚度过大或过小或重量更轻的掺杂物。
5. 长度清选 在基本清选后，有些种子中含有比要求的种子长或短的籽粒需要清除，例如春小麦中的燕麦；小麦中的破碎粒，草籽。水稻中的大米粒等，就应当用窝眼筒清选机进行长度清选。
6. 重力（比重）清选 经过基本清选后的种子，虽然大小一致，但是由于饱满度不同、发霉、病害、虫蛀等原因，种子的密度还有差异；需要进行重力清选。
7. 分级 玉米种子在清选加工结束后，有时由于精密播种的需要，还要按大小进行分级。
8. 种子包衣 种子包衣是把清选后的种子包上一层带有成膜剂的种衣剂，已达到防病，杀虫、促长、增产的目的。
